Я постоянно использую вирустотал и антивирус на своем ПК, иногда для оперативности Jotti. Также в обязательном порядке смотрю *.php на предмет eval и base64, это если явно косяк. То что приходилось скачивать на этом ресурсе проблем своими методами не обнаружил.